История учреждения началась 9 февраля 2004 года, в честь 100-летия подвига экипажей крейсера «Варяг» и канонерской лодки «Кореец» в бою у Чемульпо (Корея) в ходе русско-японской войны (1904-1905 гг.). Музей находится в непосредственной близости от могилы контр-адмирала, у южной стены церкви Казанской иконы Божией Матери. Руднев умер на родовой земле в июле 1913 года. В 1992 году на его могиле был установлен памятник (автор скульптор А.И. Чернопятов). Неподалеку от могилы и музея ранее располагался и дом контр-адмирала. До наших дней он не сохранился, но окрестности хранят память о Рудневых. Так, место, где находилось имение, в народе по сей день называют Рудневской Глухушей.
«Новая экспозиция будет посвящена истории развития военно-морского флота России. Она расскажет о жизни контр-адмирала Всеволода Руднева. На реконструкцию музея из регионального бюджета выделено 50 миллионов рублей», - сообщила в феврале 2020 года министр культуры региона Татьяна Рыбкина.
На тот момент заведующим музеем был Евгений Сергеевич Жулдыбин – большой знаток истории и морского дела. Первое, что он сделал, возглавив музей в 2011 году – поднял над ним Андреевский флаг, в память о Всеволоде Рудневе и героях флота. И цели у его команды были соответствующие: создание мемориального комплекса и восстановление храма. Ныне храм действует, а вот что происходит с комплексом - непонятно.
Летом 2020-го музей возглавил Александр Аладин, который до этого заведовал Тульским областным музеем изобразительных искусств.
В настоящее время на странице музея информация о заведующем скрыта. Предположительно, он снова сменился.
1 декабря стало известно, что на территории музея появилась рекреационная зона – сквер, где растут зеленые красавицы-ёлки. Их предлагают нарядить совместными усилиями. Особенно приветствуются игрушки морской тематики - якорь, кораблик, рында, рыбки, ракушки…
О ходе 50-миллионной реконструкции музея и сроках ее завершения не сообщается.
